Λόγω των ιδιαίτερων προνομίων της η Νάουσα άκμασε πολιτικά, οικονομικά και πνευματικά, ειδικά κατά τον 18ο αι. Οι κάτοικοί της, απολαμβάνοντας ένα σύστημα κοινοτικής αυτοδιοίκησης, διέπρεψαν στους τομείς της γεωργίας, της βιοτεχνίας και του εμπορίου. Το ναουσαίικο κρασί, παραγόμενο από την τοπική ποικιλία ξινόμαυρο θεωρούνταν από τα κορυφαία στην οθωμανική αυτοκρατορία, ενώ σημαντικές ήταν οι πρόσοδοι των Ναουσαίων από την εκμετάλλευση των υδατοπτώσεων και την εμπορία μεταποιημένων αγροτοκτηνοτροφικών προϊόντων. Τα πλούτη που εισέρρεαν δεν επενδύονταν μόνο σε ιδιωφελείς σκοπούς, αλλά συχνά δωρίζονταν και στην ίδια την κοινότητα για κοινωφελή έργα, όπως η ανέγερση εκκλησιών και η λειτουργία σχολείων. Έτσι, ο πλούτος της πόλης συντέλεσε και στην πνευματική άνοδο των κατοίκων της. Ήδη κατά τον 16ο αι. στην περιοχή δρα μια πνευματική φυσιογνωμία ανυπέρβλητου κύρους, ο πολιούχος της Νάουσας Όσιος Θεοφάνης. Με το έργο και κήρυγμά του στέριωσε την πίστη των Ναουσαίων και θεμελίωσε έναν πνευματικό κύκλο που αποτέλεσε την μαγιά για την εκπαιδευτική πρόοδο των επόμενων αιώνων. Στις αρχές του 18ου αι. χρονολογείται η δράση του σημαντικότερου λόγιου της Νάουσας, του Αναστάσιου Μιχαήλ, που διετέλεσε καθηγητής σε ανώτατα εκπαιδευτικά ιδρύματα του εξωτερικού. Την ίδια περίοδο κι αργότερα γνωρίζουμε ότι στην πόλη λειτουργούν σχολεία και δραστηριοποιούνται τοπικοί αλλά και ξένοι διδάσκαλοι. Έτσι, δικαιολογείται απόλυτα ο χαρακτηρισμός της Νάουσας ως ελεύθερης μητρόπολης των Χριστιανών δυτικά του Αξιού (Φρανσουά Πουκεβίλ).
