Το 1830 ο Σουλτάνος εξέδωσε το φιρμάνι της αμνηστίας, με το οποίο όσοι Ναουσαίοι γλίτωσαν μπορούσαν πλέον να επιστρέψουν στην ερειπωμένη πόλη και να διεκδικήσουν από την αρχή τις περιουσίες τους. Αρκετοί διασωθέντες Ναουσαίοι επέστρεψαν τότε στην πόλη και μαζί τους αρκετοί κάτοικοι των γύρω οικισμών του Βερμίου. Αυτοί αποτέλεσαν την πρώτη μαγιά του μετεπαναστατικού πληθυσμού της Νάουσας. Μαζί όμως με τους Χριστιανούς κατοίκους το φιρμάνι καθόριζε ότι θα εγκατασταθούν στην νέα συνοικία, ψηλά στον μαχαλά του Αγίου Δημητρίου, και 100 οικογένειες Τούρκων. Αυτοί ίδρυσαν το Τζαμί τους στα ερείπια του καθεδρικού ναού. Ήταν η πρώτη φορά που τουρκικός πληθυσμός διέμενε στην πόλη μετά από αιώνες.
Παρ’ όλα αυτά οι Χριστιανοί της Νάουσας, οργανωμένοι όπως και παλιότερα στην ιδιαίτερή τους αυτοδιοικούμενη κοινότητα και με την συμβολή της Εκκλησίας κατάφεραν σταδιακά να φθάσουν στο επίπεδο της πρότερης ακμής. Κατά το τελευταίο τέταρτο του 19ου αι. τα κέρδη του εμπορίου και της βιοτεχνίας, η οποία στηριζόταν σε μεγάλο βαθμό και στην εκμετάλλευση των υδατοπτώσεων, επενδύθηκαν στην ανάπτυξη της βιομηχανίας. Η πρώτη βιομηχανική μονάδα της οθωμανικής Μακεδονίας, η κλωστοϋφαντουργία Λόγγου, Κύρτση και Τουρπάλη, ιδρύθηκε στην Νάουσα το 1874. Στον επόμενο μισό αιώνα πολλά ακόμα εργοστάσια Ναουσαίων επιχειρηματιών θα ιδρυθούν στην πόλη, εκμεταλλευόμενα τον «λευκό άνθρακα» της Αράπιτσας. Η Νάουσα κατέστη κέντρο της κλωστοϋφαντουργίας στην Ελλάδα με εκατοντάδες εργάτες να συρρέουν από την γύρω περιοχή.
