Μετά το 1878 εντάθηκαν οι εθνοτικοί ανταγωνισμοί στην Μακεδονία, που ήταν τότε ένα μωσαϊκό εθνοτήτων. Τα αντικρουόμενα συμφέροντα Βουλγάρων και Ελλήνων θα οδηγήσουν τις δύο κοινότητες σε μια ανοικτή ιδεολογική αρχικά και πολεμική τελικά σύγκρουση. Κατά την περίοδο του Μακεδονικού Αγώνα (1904-1908) η Νάουσα αναδείχθηκε σε επιχειρησιακό κέντρο των Ελλήνων. Περιοχές όπως το Σέλι, το Αρκουδοχώρι και το Γιαννακοχώρι, η μονή του Προδρόμου, ο λόφος της Χοντροσούγκλας διατηρούνται ακόμη στην συλλογική μνήμη ως τοπόσημα του Μακεδονικού Αγώνα στην Νάουσα.
Τελικά η απελευθέρωση της πόλης επήλθε με τον Α΄ Βαλκανικό Πόλεμο, τον Οκτώβρη του 1912. Η παύση της τουρκικής αρχής και η ένταξη της Νάουσας στο ελληνικό βασίλειο επέφερε δραματικές αλλαγές στην κοινωνία, την οικονομία και την διοίκηση. Σ’ αυτές συνέτειναν και οι διάφορες περιπέτειες της χώρας κατά τον 20ο αι., όπως η άφιξη νέων πληθυσμιακών ομάδων (Πόντιοι, Θρακιώτες, Μικρασιάτες) κατά την δεκαετία του 1920, η οικονομική δυσπραγία της δεκαετίας του 1930, ο Β΄ Παγκόσμιος Πόλεμος, μα κυρίως ο Εμφύλιος που ακολούθησε.
